水溶性聚磷酸銨施入土壤后，在酶的作用下產生水解反應。水解反應相當復雜，因為聚磷酸銨溶液含有好幾種化合物如正磷酸、焦磷酸、三聚磷酸和更多元的聚合物，而正磷酸鹽是聚磷酸鹽水解的最終產物。土壤或栽培基質的溫度、水分、pH和其它因素都會影響水解的速率。但一般水解的速率較快，可以在幾個小時到幾天內完成。通常作物只吸收正磷酸鹽形態的磷，故聚磷酸鹽水解速率的快慢決定了磷肥效的快慢。由于聚磷酸中有一部分為正磷酸，因此聚磷酸銨是一種速效長效結合的磷肥。